Veamos la fórmula de una molécula de agua, peróxido de hidrógeno y Metano, observemos como están unidas, representadas
Las fórmulas que vemos se llaman estructuras, una fórmula estructural de una sustancia nos indica que átomos están unidos y los que están dentro de tal molécula.
Cada átomo tiene su símbolo químico que los representa y las lineas que podes ver son los enlaces que están representados justamente y disculparme lo redundante por esas lineas y son los que mantienen unidos a los átomos.
Sobre lo que se ve y lo que podemos imaginar geometricamente de una molécula esto es una estimación tridimensional de las mismas.
Los científicos usan diferentes modelos para visualizar, estos pueden ser, modelo de bolas y palos, otro es esfera del mismo tamaño, se pude ver diferente color para los átomos, la que podemos ver como más realista es el modelo de llenado de espacios, da una idea de como seria la molécula al aumentar su tamaño en escala, es un tamaño relativo de los átomos.
Lo que es muy difícil es la geometría, los ángulos entre los átomos son justamente los que determinan su geometría molecular normalmente son rotulados con el símbolo del elemento.